Краткие ответы на часто задаваемые вопросы

В: Система отказывается работать с MS Internet Explorer, которым я пользуюсь уже много лет. Что делать?
О: Обновить MS Internet Explorer до версии не ниже 8.0. Более ранние версии MS Internet Explorer некорректно отображают HTML и не поддерживаются. Обновление производится с сайта Microsoft бесплатно для Windows начиная с XP и старше. Кроме того, поддерживаются любые альтернативные browsers: Opera, FireFox, Chrome, Conqueror и др., распространяемые бесплатно. Рекомендуется использование Opera.

В: Могу ли я зарегистрироваться в системе учета самостоятельно?
О: Можете, если в папке регистрации уже зарегистрированы доверенные пользователи или руководители, которые готовы быть вашими поручителями. Для самостоятельной регистрации необходимо открыть в browser ссылку:
http://iisc.niboch.nsc.ru/seq-dat/login.cgi?start=user_registration.cgi
При этом сначала будет предложено произвести вход в систему уже зарегистрированному пользователю - его должен выполнить ваш поручитель. После заполнения вами всей необходимой информации и ее проверки можно будет зарегистрировать нового пользователя и установить пароль доступа. Помните, что регистрация осуществляется в ТОЙ ЖЕ ПАПКЕ, в которой уже зарегистрирован ваш ПОРУЧИТЕЛЬ, и что ваш уровень доступа не может быть выше уровня вашего поручителя.
P.S. Если вы хотите зарегистрироваться в папке, где уже зарегистрирован руководитель, можно также попросить его зарегистрировать вас, сообщив необходимую персональную информацию. Для регистрации в этом случае руководителю необходимо выбрать функцию "пользователи", после чего выбрать функцию "новый пользователь".

В: Аспирант Сидоров уехал в краткосрочную командировку в США, но решил не возвращаться. Можем ли мы самомтоятельно удалить его из списка зарегистрированных пользователей?
О: Можете, если в подразделении, где он зарегистрирован, так же зарегистрирован руководитель. Пользователи с уровнем доступа "руководитель" имеют возможности управления пользователями, включающие регистрацию новых пользователей, изменение данных пользователей и удаление пользователей. Для активации этих возможностей следует выбрать функцию "пользователи" в главном меню в верхней части экрана.

В: Какой пароль нужно использовать при первом входе в систему?
О: Любой (в т.ч. пустой). При первом входе вам будет предложено задать пароль.

В: Я задал свой обычный пароль "777" (на этот раз пришлось набрать "7" 7 раз), но программа отказывается его использовать. Даже 10 "7"-рок не помогают. Что делать?
О: Пароль должен быть достаточно сложным. Повторы, например, уменьшают сложность пароля и увеличивают требуемую длину (так, "ква-ква-ква-ква" хуже, чем "ку-ка-ре-ку", хотя и длиннее). В состав пароля могут входить любые символы, напр. служебные, знаки препинания, кириллица.

В: Я хотел попробовать вспомнить свой пароль, набирая разные варианты, но после некоторого числа неудачных попыток подряд ввод был заблокирован. Теперь никто в нашей лаборатории не может зайти в систему с нашего единственного компьютера, даже те, кто точно помнит пароль. Что делать?
О:  А) Подождать - через некоторое время (не менее 6 час) блокировка автоматически снимается.   Б) Поискать другой компьютер - блокируется ТЕРМИНАЛ, а не пользователь: блокировка направлена против сетевых автоматов, подбирающих пароли. Учтите, что в учреждениях корпоративная сеть зачастую настроена администраторами для упрощения собственной жизни так, что "снаружи" невозможно различать терминалы корпоративной сети. В этом случае блокировка единственного "виртуального" компьютера, на котором работает все учреждение, означает блокировку работы ВСЕХ.
P.S. Сотрудники ЦКП не имеют возможности снять блокировку.

В: Компьютер отказывается пустить меня в систему, утверждая что "Терминал с данным IP заблокирован после многочисленных попыток входа". Но я пытаюсь войти первый раз?!
О: Наиболее вероятная причина такой ситуации в организации корпоративной сети компьютеров вашего учреждения. Зачастую она для минимизации работы системного администратора организована так, что все компьютеры представлены для внешних запросов одним и тем же IP, т.е. фактически для находящегося вне корпоративной сети сервера все сотрудники работают по очереди на одном и том же компьютере. В этом случае если кто-то один из них вызвал блокировку этого IP, превысив лимит безуспешных попыток входа, вход будет заблокирован для всех компьютеров учреждения, использующих этот IP. Блокировка автоматически снимается через некоторое время (несколько часов).
P.S. Защита от многочисленных попыток входа направлена против сетевых автоматов и работает в автономном режиме. Возможность ее отключения не предусмотрена.

В: Я совсем отчаялся вспомнить свой пароль! К кому мне обратиться за его восстановлением?
О: Ни к кому. Сотрудники ЦКП не имеют возможности узнать пароль пользователя. Они могут только удалить старый пароль, после чего пользователю при следующей попытке входа будет предложено установить пароль снова.
P.S. Удаление пароля производится только по письменному запросу зав. подразделением, отправленному по E-mail с адреса зав. подразделением.

В: Я сказал свой пароль нашему студенту, чтобы он мог формировать заказы, а он оказался начинающим хакером и попытался, используя мой пароль, взломать систему защиты, после чего доступ мне был запрещен. Что делать?
О: Ничего. Владелец имени входа и пароля несет полную ответственность за их использование, в т.ч. третьими лицами. При нарушении правил пользования системой имя заносится в черный список. Выдача дополнительных имен входа не предусматривается. В вышеописанной ситуации возможно придется просить более предусмотрительных коллег оформлять ваши заказы от их имени.
P.S. Обращение в данной ситуации к сотрудникам ЦКП с просьбами ее изменить как самого пользователя, так и его руководителей любого ранга бессмысленно: они не имеют технической возможности что-либо сделать.

В: Почему при использовании функций browser "обновить", "вперед", "назад" система ругается и прекращает работу?
О: Большинство запросов системы учета ЦКП направлены не на получение неизменяемой информации, а на изменение данных: создание новых заказов, внесение записей в журналы учета ресурсов и т.п. При использовании функций browser, автономных от формируемых системой форм, может происходить автоматический повтор предыдущих запросов без ведома пользователя (например, создание нескольких копий одного и того же заказа), поэтому обрабатываются только запросы, передаваемые в результате использования находящихся ВНУТРИ ФОРМЫ элементов управления (кнопок). В тех случаях, когда есть возможность вернуться к предыдущим запросам, в форме будет присутствовать кнопка "назад"/"вернуться".

В: Почему у нашего зав. лаб. и у моего руководителя, получающего реактив для реакции Сэнгера, на экране много разных кнопок, а у меня всего две: "заказы" и "создать заявку" ?
О: Набор доступных функций, а также набор доступных папок с данными зависят от уровня доступа пользователя. Как правило, вы должны видеть данные тех проектов, в которых непосредственно участвуете, и иметь доступ к функциям, непосредственно вам необходимым для выполнения своей роли в них (с точки зрения руководителей этих проектов): "многия знания - многия печали".

В: Сотрудник нашей лаборатории Сидоров оформил заявку на выдачу реактива и пошел его получать, но поскользнулся, и теперь он в больнице. Уже несколько недель мы пытаемся оформить новую заявку на реактив, но нужная кнопка куда-то исчезла. Что делать?
О: Заявка на выдачу реактива, по которой реактив еще не выдан, может быть только одна. Чтобы появилась возможность оформить следующую нужно либо получить реактив у сотрудников ЦКП, либо аннулировать заявку. Аннулировать заявку имеет право пользователь, который ее оформил, а также зав. подразделением или рук. проекта.

В: Посланный за реактивом вместо Сидорова Петров также вернулся ни с чем, т.к. сотрудники ЦКП стали требовать распечатанную и подписанную зав. подразделением или рук. проекта. заявку. Где ее взять?
О: Ссылка на файл заявки в формате RTF появляется после ее оформления. Нужно сохранить этот файл на жесткий диск и открыть в MS Office Word или любом другом редакторе, корректно отображающим RTF, распечатать (на одной странице без модификаций!) и подписать у зав. подразделением или рук. проекта. При соответствующей настройке browser открытие файла заявки в MS Word может происходить автоматически при "нажатии" на ссылку.

В: Невозможно оформить новую заявку - нет кнопки "создать заказ"!
О: Кнопка "создать заказ" становится активной после правильного заполнения всех обязательных для заполнения полей (в т.ч. названий образцов) и формирования бланка заказа. Если вы правильно заполнили все поля, - нажмите "сформировать бланк заказа", после чего появится кнопка "создать заказ".

В: Я использую длинные названия образцов и надпись не влезает на крышку пробирки. Можно ли использовать бумажные этикетки?
О: При передаче заказов пробирки с образцами должны быть подписаны не названиями образцов, а комбинацией из 1 буквы и 2 цифр, взятой из соотв. строки колонки "ярлык" бланка заказа. НИКАКИХ ДРУГИХ НАДПИСЕЙ НА ПРОБИРКАХ БЫТЬ НЕ ДОЛЖНО. Соответствие между ярлыком образца и заданным вами при оформлении бланка заказа названием осуществляется автоматически, и в результатах анализа вы увидите не ярлыки, а только названия образцов. Желательно подписывать крышки пробирок.

В: Пробирки с моими образцами подписаны по-другому, нежели в бланке, но я исправил подписи в бланке. Однако мой заказ до сих пор не выполнен, хотя прошло уже больше недели...
О: Бланк заказа является АУТЕНТИЧНОЙ КОПИЕЙ заказа в системе учета, поэтому не должен содержать НИКАКОЙ дополнительной или отличающейся от электронной версии информации. Единственное назначение бланка, кроме идентификации заказа, - быть финансовым документом, гарантирующим оплату анализа, и единственной рукописной информацией в нем является подпись руководителя, без которой бланк является недействительным и заказ выполняться не будет. Наличие любой другой рукописной информации также автоматически делает бланк недействительным, а заказ - не подлежащим анализу. В этом случае оператор обязательно напишет соответствующее сообщение в комментарии к заказу, который можно прочитать, открыв заказ с помощью кнопки "подробнее" ("view").

В: Можно ли использовать бланк для передачи пояснений и другой дополнительной информации сотрудникам ЦКП, делая рукописные заметки или редактируя его (например, в MS Word)?
О: Нет - см. предыдущий ответ. ЛЮБЫЕ расхождения информации в бланке с хранящейся в системе электронной версией делают анализ образцов невозможным. При необходимости сообщить сотрудникам ЦКП дополнительную информацию относительно ваших образцов, не предусмотренную в бланке, необходимо использовать телефон или E-mail.

В: На прошлой неделе мой заказ был выполнен в течении 2 дней, а теперь я жду уже почти неделю... Почему?
О: Образцы загружаются в генные анализаторы планшетами по 96 обр. по мере формирования планшетов, при этом заказы располагаются в очереди ожидания по дате приема, а не по дате создания. В то же время возможны ситуации, когда ваш заказ невозможно разместить в формирующемся планшете (уже недостаточно места, например, остается после размешения ранее принятых заказов), а принятый позже - возможно (т.к. в нем, например, меньше образцов).

В: У моих образцов все время получаются очень низкие сигналы в Raw Data... нельзя ли увеличить для них время или напряжение электрокинетического нанесения?
О: Нет. Такая возможность исключена из-за того, что анализатор наносит одновременно несколько образцов (используемые в настоящее время приборы - 16, 24 или 96) и может делать это только с одинаковыми параметрами нанесения (т.к. электроды - общие). Т.о. невозможно выборочно изменить условия нанесения для одного заказа, не изменяя условия для других (соседних с ним в планшете). Специальные условия нанесения могут использоваться только для пользователей, передающих образцы в ЦКП уже расфасованными в 96 планшет.
P.S. Величина электрокинетического нанесения подобрана таким образом, чтобы продукты реакции Сэнгера, полученные с использованием достаточного количества чистой ДНК матрицы длиной более 1000 н.п. и 1(одного) мкл реактива BD, давали максимальные по интенсивности сигналы, которые еще может без искажений зарегистрировать система детекции (4000-6000 RFU). Следует иметь ввиду, что использование 1 мкл реактива с более короткими матрицами (ампликонами) может вызвать перегрузку детектора, поэтому с ампликонами длиной, например, 200-300 н.п и менее следует использовать меньше реактива (0.5 мкл или еще меньше). Если сигналы в Raw Data ваших образцов менее 400-500 - причина в недостаточных количестве или чистоте матрицы, либо в неоптимальных условиях проведения реакции Сэнгера.

В: Чем отличается "длина анализа" и "длина матрицы" в бланке заявки и зачем вообще 2 длины?
О: "Длина анализа" - длина последовательности, необходимая вам для решения научной задачи, а "длина матрицы" - физическая длина ДНК, использованной в качестве матрицы для реакции Сэнгера. Знание этих параметров позволяет сотрудникам ЦКП более эффективно использовать оборудование. Так, если "длина анализа" относительно невелика, ваши образцы могут быть нанесены на прибор, производящий анализ значительно быстрее за счет использования более короткого капилляра для электрофореза и меньшего времени для сбора данных. На таком приборе качество разделения и детекции коротких фрагментов может быть заметно выше. От длины матрицы зависят другие параметры анализа, например, количество наносимого на электрофорез материала. Так, если матрицей была плазмида длиной 3000 н.п., то сигналы распределены между 900-1000 фрагментов (даже если вас интересуют только первые 100 н.п.), а если матрицей был ампликон длиной 100 н.п., то и сигналы распределяться между 100 фрагментами, и каждый из них будет в 10 раз более интенсивным, что может привести к перегрузке детектора.
"Длина анализа" также влияет на оценку качества последовательности, в качестве которой используется среднее значение параметра PHRED для первых ("длина анализа") нуклеотидов последовательности. При этом если фактическиая длина последовательности оказалась меньше заявленной, для оценки качества используется фактическая (получившаяся в эксперименте) длина, а не указанная в бланке (она является всего лишь ограничителем сверху), т.е. никакого занижения качества не происходит. Определение PHRED можно, найти, например, тут:
http://en.wikipedia.org/wiki/Phred_quality_score
  P.S. нет необходимости указывать "длину анализа" и "длину матрицы" с "точностью до миллиметра", т.е. до буквы. Более того, мы не рекомендуем распределять между несколькими заказами образцы, длины которых отличаются несущественно - удобнее объединить их в один заказ. Например, если есть продукты реакции Сэнгера, полученные с ампликонов длиной 280, 300 и 320, а также с ДНК плазмид длиной 3600, 3900 и 4000, то все эти образцы можно объединить в 2 заказа: "короткие" (длина анализа 250, длина матрицы 300) и длинные (длина анализа 700 (или меньше, в зависимости от научной задачи), длина матрицы 4000).

В: Я использую автоматическую нумерацию по шаблону для формирования названий образцов, но вместо "M13mp1801, M13mp1802…. M13mp1896" получаю "M13mp18, M13mp19…M13mp113"…
О: Используйте в качестве шаблона не "M13mp18", а "M13mp1801" или "M13mp18_01".

В: Нам понадобились данные заказа, выполненного давно, но ссылки для загрузки данных больше нет... Как быть?
О: Откройте окно расширенной информации о заказе (кнопка "подробнее"). Если данные вашего заказа имеются в архиве ранее выполненных заказов, то в строке "результаты" вы увидите кнопку "восстановить данные из архива". Воспользуйтесь ей и в течение суток вы сможете загрузить восстановленные данные.


Успехов в освоении и использовании системы учета данных ЦКП, разработчик И.В.Морозов.

P.S. Информацию о неадекватной работе системы, а также конструктивные замечания и предложения
можно сообщить по E-mail: с пометкой "Система учета ЦКП" в теме письма.